① 原材料浪費大，能耗高：一只裝量為3000袋（17x33）的常壓滅菌灶，滅菌一鍋，需要煤炭為350公斤；或者每一公斤木屑的培養料需要同樣量的木材去滅菌，因此有生產食用菌是破壞森林一說。

    ② 用工多，勞動強度大，由自然溫度20℃起火，到100℃需要6h，保持100℃、12h，用工2個，時間生產中需要多6h。

    ③ 原材料在高溫或高壓下，營養損失嚴重，會對培養基內某些糖或有機含氮化合物破壞。菇體組織松軟，口感差，這也是食用菌產量、品質不高的原因。

    ④ 滅菌越徹底，對滅菌后接種的操作要求越嚴格。

對于一般的農戶，一鍋培養料往往需要24h以上的滅菌時間，費時、費力、費工、費能源。