食用菌的代料栽培工藝中，一個關鍵技術環節是對培養料進行滅菌處理，沒有這個環節單一的人為菌種是不可能正常生長的。競爭性雜菌和其他微生物的生長會抑制食用菌生長。由于滅菌不徹底，引起的雜菌和其他微生物也會與所培養的食用菌爭奪營養，影響食用菌產量。雜菌還影響食用菌生產的美感，因此追求食用菌生產無雜菌是所有生產人員的希望。
① 雜菌的概念：
食用菌栽培中，人為栽培物種以外的其他物種的微生物及真菌都是雜菌。對應于植物栽培中的雜草。食用菌生產過程中極易受雜菌的危害，給生產帶來了嚴重的影響。常見的雜菌包括細菌、曲霉、青霉、木霉、毛霉、根霉、鏈孢霉等。
② 雜菌產生原理
雜菌是指食用菌栽培中生長的非栽培種類的菌類及其它微生物。任何微生物都有自己適合的生存環境，在不同培養基和不同的環境下，有不同的微生物產生。不同環境產生不同的微生物。
③ 滅菌工藝理論
食用菌必須經過滅菌過程。教科書（包括百度）中對滅菌的名詞解釋是：用理化方法殺死一定物質中的微生物的微生物學基本技術。滅菌的徹底程度受滅菌時間與滅菌劑強度制約。微生物對滅菌劑的抵抗力取決于原始存在的群體密度、菌種或環境賦予菌種的抵抗力。滅菌是獲得純培養的必要條件，不僅是食用菌栽培中必須的技術，也是食品工業和醫藥領域中必需的技術。
將培養基、發酵設備或其他目標物中所有微生物的營養細胞及其芽胞（或孢子）殺滅或去除，從而達到無菌的過程。滅菌常用的方法有化學試劑滅菌、射線滅菌、干熱滅菌、濕熱滅菌和過濾除菌等。可根據不同的需求，采用不同的方法，如培養基滅菌一般采用濕熱滅菌，空氣則采用過濾除菌。
④ 食用菌栽培中的滅菌
堆肥發酵，高溫高壓和常壓滅菌是最常用、最好的方法。堆肥發酵主要用于蘑菇、平菇、雞腿菇的栽培。其他食用菌基本需要高溫濕熱滅菌。常壓蒸氣滅菌是100℃、高壓滅菌其蒸汽溫度可達121℃，能將耐熱的芽孢全部殺死。高壓滅菌的理論時間是30分鐘就可以了，但是在實際操作中常壓往往需要4h，常壓100℃理論時間4h，實際12h以上。
