食用菌菌種生產，一般先由孢子分離或組織分離培育出母種，再將母種擴大到培養基上得到原種，然后原種由熟料培養成生產上使用的栽培種，或稱一級、二級和三級菌種。但一些適應性強、菌絲生長快的菇類和平菇、草菇、鳳尾菇等，其栽培種可通過子實體直接繁殖或生料直接生產，既快速方便，又降低了成本。
子實體繁殖法。用菇體組織直接生產菌種，方法簡單，時間短，遺傳性穩定。在缺乏原種的情況下，可作為一種應急措施。具體操作時，把已經表面消毒，未釋放孢子的子實體，削掉菌的柄表皮，切成0.5立方厘米大小，取一塊接入已滅菌培養基內，在23-25℃下培養20-25天，待瓶內培養基布滿白色菌絲時使用。每公斤平菇菌種可接80-100瓶栽培培種。
生料栽培法。在燃料缺乏的地方，宜采用此法。選擇新鮮無霉變的棉籽殼，放在陽光下曝曬2-3天，隨后取粉劑多菌靈，以少量酒精調成糊狀后配成0.1％濃度的多菌靈溶液，與10-30％濃度的石灰水共同與培養料拌勻，裝進事先經高錳酸鉀、酒精消毒過的瓶內或塑料袋內。接種時分層或表面接和睦勻可，接種量為熟料的3-4倍。如在不超過20℃的適宜溫度下，經1個月左右，菌絲即可布滿培養料。
