隨著食用菌栽培的發展，食用菌生產中的病害頻發，并伴發交叉感染，持續生產的難度越來越大，給菇農造成很大的損失。所以做好生產環境的消毒處理，對食用菌栽培成功至關重要。

一、在生產區內采取消毒殺菌措施，對栽培棚外包括操作場地周邊，清理衛生，對廄廁、垃圾等需嚴格清理，尤其要徹底清理污染菌袋以及菌糠廢料等，并噴灑高濃度多菌靈、辛硫磷混合液等進行殺菌殺蟲，環境差的要連續處理兩次。

二、新菇棚的消毒處理棚內可使用百病去無蹤、辛硫磷等藥物，一般用量為1袋百病去無蹤配50克辛硫磷，噴30平方米左右，在地面、墻體以及立柱等噴灑，然后密封菇棚，卷起草苫曬棚，密封2天后即可進袋發菌或出菇；發菌和出菇期間的預防用藥，可每5天左右噴灑一次蘑菇殺病靈或百病去無蹤，但注意不要直噴子實體。 

三、舊菇棚的消毒處理連續使用多年的菇棚，棚內不可避免地存有相當數量的雜菌和病原菌孢子以及害蟲，因此，徹底進行消毒處理非常必要。首先用濃石灰水進行整體涂刷消毒，然后可按1袋百病去無蹤配40克辛硫磷藥物，噴灑20平方米左右，然后密封菇棚，卷起草苫曬棚，密封2天后，再次用藥并繼續密閉曬棚，2～7天后，方可進袋發菌或每立方米空間采用15毫升甲醛配敵敵畏10毫升進行熏蒸。