猴頭菇一般從原基形成到采收需要10—20天，適時采收產量最高、品質最好。猴頭菇子實體成熟的標志是：菇體基本長足，堅實，色白，表面出現菌刺，菌刺長度在0.5—1厘米，未彈射孢子，此時適時采收。
采收的時機還應根據產品的去向或商家的要求，也可五六分熟時即采收幼菇，此時的子實體無論外觀形態還是鮮嫩程度，無論蛋白質含量還是口感，均處最佳時機，最適于超市鮮銷或外銷，雖然對產量有一定影響，但其商品價值高，生產效益不但不會因產量降低而受影響，反而會有一定幅度的上升。
采收過遲，菌刺過長，孢子大量散發，子實體變得疏松，發黃，苦味濃，品質和使用價值下降，且因成熟的子實體從基料中吸取更多的營養及水分，導致轉潮困難，也將影響總產量，并因商品價值低下而使效益不佳。
采收時輕輕旋轉采下后，隨即將基料表面進行清理，除去菌皮等雜物，盡量覆蓋或將扎口處內縮，也可在架層上覆蓋大幅塑膜，停止噴水，密閉光線，大通風2天，使棚濕降至70％左右時，關閉菇棚，使菌袋進入一個較合適的“養菌”階段，約一周后，再度進行催蕾，即可進入下潮菇的管理。一般每批投料可采收3潮菇，生物學效率在80％～120％，商品率可達90％左右。
