金針菇有很強的再生能力，當小菇變干枯萎時，其菌柄上會形成許多新的子實體原基，這些原基通過適當管理可以發育成優質菇體。采用再生法育出的菇密而齊、菌柄細、不易開傘、產量高。

　  入室催菇　菌筒長滿袋后移入栽培室，保持室溫在12～15℃催菇。料面子實體長2～3厘米（呈須根狀，只長柄，未長蓋）時打開袋口，下卷貼近料面，將子實體下壓使其倒伏，緊貼并均勻鋪滿料面。若有少量子實體已長菌蓋，可剪去菌蓋。

　  加強通風　開袋后加強通氣。壓倒的菌柄第二天便開始干枯變褐，一般開袋后4天左右干枯的菌柄上會長出大量小白點（子實體原基），氣溫低于12℃時需5～6天。采用再生法栽培，長出的子實體多，應注意通風換氣。在每次蓋濕布前通風0．5～1小時，夜間打開窗戶通風換氣1小時，氣溫超過15℃時在夜間蓋好濕布后通風4～5小時。經這樣管理菇質好，產量高。

　  拉直袋口　菌柄直徑達2～3毫米時拉直塑料袋口。相對濕度大或菌柄較粗不易干枯，壓倒后不分生出小菌蕾，仍能從菌柄上長出菌蓋，在這種情況下菇也會比原來長得多而密，菌柄高度也較整齊一致。

　  調節濕度　菌柄長10厘米，空氣相對濕度低于85％時，在袋口上蓋濕布或在蓋紙上勤噴水。菌柄長15厘米、菌蓋直徑不超過13毫米，達到商品規格時及時采收。采收后去除料面老菌皮和殘留菌柄，讓料面干燥1～2天，再將袋口加套環和棉塞培養8～15天，這樣能出第二批菇。培養料較干，應提前在袋口上蓋濕布，一般袋口拉直后就應蓋濕布。第二批菇的管理與第一批菇相同。